Raziskovalno delo je organizirano v štirih raziskovalno-razvojnih oddelkih, ki delujejo interdisciplinarno:

• Oddelek za informacijske znanosti in tehnologije (DIST UP IAM),
• Oddelek za matematiko (OM UP IAM),
• Oddelek za tehnologijo (OT UP IAM),
• Oddelek za preučevanje zdravja (OPZ UP IAM).

Poleg oddelkov delujejo tudi trije centri.

• Slovenski center za raziskovanje samomora (SCRS),
• Center za sodelovanje z industrijo (CSI),
• Center za oblikovanje in razvoj aplikacij (CORA)